Yukiteru Amano ( 天野雪輝 ) egy 14 éves, félénk és álmodozás magányos, aki betartja az élet és jots le az események az ő mobiltelefon . Egyetlen barátja Deus Ex Machina ( デ ウ ス ・ エ ク ス ・ マ キ ナ ), a tér és az idő istene, valamint segítője, Muru Muru ( ム ル ム ル ). Deus átalakítja Yukiteru telefonját egy jövőbeli naplóvá, amely akár kilencven napig képes megjósolni a jövőt . Yukiteru felfedezi, hogy ő és tizenegy másik része egy Deus által szervezett túlélési játéknak. Ennek a játéknak az a célja, hogy kiküszöbölje a többi naplót, a győztest Deus istenének utódjaként, és megakadályozza az Apokalipszist . Yukiterut Yuno Gasai ( 我 妻 由 乃 ) védettnek találja, aki egy bájos, de pszichopata osztálytárs, aki megszállottan lesújt rá, miután megígérték, hogy egy évvel korábban együtt fognak csillagozni. Két fő szereplő, akikkel találkoznak, a terrorista Minene Uryu, aki meg akarja semmisíteni az összes vallást, miután szülei hittől háborúban haltak meg; és Keigo Kurusu rendőr, aki befejezi a játékot. Később Kurusu elárulja Yukiterut és Yunót, amikor rájön, hogy ágyas fia halálos betegségben szenved . Meggyilkolja Karyuudo Tsukishima naplót, és keretbe foglalja Yukiterut és Yuno-t. Minene Masumi Nishijima nyomozóhoz fordul, feltárva Kurusu bűncselekményét. Szégyenében Kurusu kizárja magát a játékból. John Bacchus, a város polgármestere és a Jövőnaplók tervezője megpróbálja manipulálni Yukiteru adóssággal sújtott apját, Kurou-t, hogy ellopja fia naplóját. Kurou elbukik, akaratlanul meggyilkolja volt feleségét, Rea-t, majd Bacchus emberei meggyilkolják. Yukiteru megfogadja, hogy megnyeri a játékot és feltámasztja szüleit. Ő és Yuno megcélozzák a megmaradt naplótulajdonosokat, Minene-t, Bacchust és az árvaházat üzemeltető Kamado Ueshitát. Eközben Yukiteru ügyes barátja, Aru Akise és Nishijima három holttest felfedezését vizsgálja Yuno házában, kettőt szülei, a harmadik pedig Yuno Gasai néven azonosítja magát, megkérdőjelezve ezzel identitását. Kamado naplója, amely másoknak is pótnaplót adhat, egy szuperszámítógéphez kapcsolódik, és a város minden lakójának Jövőnaplót ad Bacchus azon tervének részeként, hogy segítse az emberiség fejlődését. Yukiteru és Yuno, Minene, Nishijima és Yukiteru barátai megrohamozzák Bacchus központját. Ő lezárja magát egy bank boltozat tulajdonában Yuno szülei, az ujjlenyomatát az egyetlen módja annak eléréséhez. Minene feláldozza magát a boltozat elpusztítására, de nem sikerül, csak Aru tanúja, hogy Yuno belép a boltozatba, és megöli Bacchust. Aru válaszokat keresve szembesíti Deust, aki felfedi, hogy a fiú egy mesterséges ember, aki arra hivatott, hogy megfigyelje a játékot és egyensúlyban tartsa azt, de megerősíti, hogy összeesküvés van Yuno körül. Yukiteru meggyilkolja a barátait, majd Kamadót. Aru csatázik Yunóval, elpusztítja a naplóját, de rájön, hogy van tartaléka. Aru felismerve az igazságot, Aru megmutat egy szöveget Yukiterunak, mire Yuno lefejezi. Az apokalipszis napjához közeledve Yukiteru és Yuno kiteljesítik kapcsolatukat. Yukiteru azonban elárulja Aru javaslatát, miszerint Yuno egy másik idővonalról származik, és ő azonnal ráfordul. Muru Muru, a játék menetének igazi ötletgazdája megerősíti Aru elméletét. Yukiteru meghalt, és Yuno megnyerte a játékot egy másik ütemtervben, de még az isten hatalma sem tudta visszahozni a halottakat. Bánatában Yuno visszatért az időben, létrehozva egy alternatív idővonalat , meggyilkolva és helyettesítve másik önmagát. Yuno és Muru Muru ismét visszamennek az időben, létrehozva egy harmadik világot, amelyet Yukiteru és Minene követ, amelyet Deus vadkártyaként életben tart és hatalmának egy részével átitat. Mindkét fél harcol azért, hogy megvédje vagy megölje Yuno és szüleit. Yuno, képtelen megölni Yukiterut, csapdába ejti őt egy álomvilágban, ahol nem létezik, majd megtámadja alternatív énjét. Yukiteru emlékszik Yunóra, aki megúszta börtönét, a második világ Muru Muru segítségével, és megállítja Yunót. Bár Yukiteru arra kéri Yunót, hogy ölje meg, hogy élhessen, ehelyett kizárja magát, és a karjában meghal. Yukiteru istenné válik, és Muru Muru a második világba hurcolja. Tízezer évvel később egy gyászos Jukiteru nem tett semmit isteni erejével. Sikerült levágnia minden olyan hatást, amely az első és a második világban volt a harmadikval, és megakadályozza a harmadik világ deusainak halálát. Yukiteru a naplóját nézi, és gyászolja, hogy soha többé nem fogja látni az első világot, Yunót, az egyetlenet, akit valaha szeretni fog. Az interdimenzionális falakat azonban a harmadik világ, Yuno bontja le, aki az első világ emlékeit őrzi egy engesztelő Muru Muru jóvoltából. Yukiteru és Yuno újra összeállnak, mint a második világ istenei és az örök szerelmesek.