Logan megtudja, hogy egy éve eltűnt kedvese, Jasida Mariko Tokióban tartózkodik apjánál, Jasida Singennél, aki a Kuzurju nevű bűnszervezet feje és az A.I.M. terrorszervezet ellátója, s hogy Mariko hamarosan kényszerházasságot köt Kurohagi Hidekivel. Logan sikertelenül próbálja meg kiszabadítani Marikót és majdnem az életével fizet, de Jukio, egy harcedzett lány megmenti az életét. Jukiónak Singen ölte meg a szüleit, ezért akar bosszút állni. Logannak szaporodnak az ellenségei, felbukkan egy Mikage Kikjó nevű szamuráj, akit Singen bérelt fel és megjelenik Tokióban Logan egy régi, bosszúra éhes ellenfele, Vörös Omega is és még a rendőrség is meggyanúsítja Aszano Tessin meggyilkolásával. Miután Logan végleg leszámol Vörös Omegával, megtudja Kurohagi egyik csatlósától, hogy Singen és Mariko már nem tartózkodnak Tokióban, hanem a bűn szigetére, Madripoorba mentek, hogy ott tartsák meg az esküvői szertartást Kurohagival. Küklopsz segítségével Logan és Jukio eljutnak a szigetre, ahol kapcsolatba kerülnek az ellenállással egy Min nevű lányon keresztül. Az ellenállás vezetője Kó mester, aki Jukio nagyapja, szintén bosszút szeretne állni Singenen és Kurohagin. Ahhoz azonban, hogy feljussanak a „Sárkánytoronyba” a „Pokol útján” kell végigmenniük, amelyen a helyi bűnbandák tömérdek csapdát állítottak, és Vadhaka, a sziget „védőistene” is Kurohagi parancsait követi. A végső leszámolás azonban kezdetét veszi a Sárkánytoronyban.
