Yu-Gi-Oh! meséli Yugi Mutou , egy félénk fiatal fiú meséjét, aki szereti a különféle játékokat, de gyakran zaklatják. Egy nap megoldja a Millenniumi rejtvény néven ismert ősi rejtvényt ( enn パ ズ ル, Sennen Pazuru ) , aminek következtében teste egy titokzatos szellem házigazdájaként játszik szerepet egy szerencsejátékos személyiségével. Ettől a pillanattól kezdve, valahányszor Yugit vagy egyik barátját fenyegetik azok, akiknek sötétsége van a szívükben, ez a másik Yugi megmutatja magát, és kihívást jelent számukra a veszélyes árnyékjátékok (闇 の ゲ ー ム, Yami no Gēmu , lit. "Sötétség játékai"). )amelyek feltárják valakinek a szíve valódi természetét, ezeknek a versenyeknek a veszteseit gyakran sötét büntetésnek vetik alá, amelyet Büntetőjátéknak hívnak (罰 ゲ ー ム, Batsu Gēmu ) . Legyen szó kártyákról, kockákról vagy szerepjátékos társasjátékokról, bárkitől, bárhonnan kiválthatja a kihívásokat. A sorozat előrehaladtával Yugi és barátai megtudják, hogy ez a rejtvényében lévő személy valójában egy ókori egyiptomi időkből származó névtelen fáraó szelleme , aki elvesztette az emlékeit. Miközben Yugi és társai megpróbálják segíteni a fáraót, hogy visszanyerje emlékeit, sok megpróbáltatáson mennek keresztül, amikor életüket a titokzatos Millenniumi Tételek (千年 ア イ テ ム,Sennen Aitemu ) és az Árnyékjátékok sötét ereje.
